にこすけさん、はじめまして。

総合本部の電話番号＝サービスセンターの番号のようですので、そちらに電話されたのは正解だと思います。
簡易書留で送られたということですから、追跡情報を確認して、受け取られているならば、処理はなされているでしょう。しばらく様子を見てみてください。しかし、心配になる対応です。宗教団体のオフィシャルな対応として「退会を一切受け付けない」「退会方法を教えない」という態度はありえません。

退会届が処理されたかどうかは、出した方からは直接確認できないので、気になりますね。
こちらでは、自分一人でも届けが出せて確実な、内容証明郵便をおすすめしています。少々金額は高くなりますが、「届いたかどうか」だけでなく、「『自分の情報を信者名簿等から削除し、一切連絡・接触しないことを求める』文書を送った」と、日本郵便株式会社が証明してくれるものです。確実な退会処理を求められるならば、こちらを利用してみてはいかがでしょうか。

文章のフォーマットや、インターネットからの申し込みについて、下のURLを参考にして下さい。
ttp://trident02.voila.net/kofuku_no_kagaku_resign.htm　(先頭に半角小文字の h を付けてアクセスして下さい）
支部長印等、一切必要ありません。FAXもしておくとよいでしょう。

また、退会とは別に、メールや郵便物などは、支部や施設毎に情報が管理されていて
退会後も郵便物等が来る場合があるようです。そのときは、個別に受け取り拒否の設定や手続きをして下さい。

もし電話して、直接確認したい場合は、簡易書留の追跡番号、投函日付（あれば録音装置等）を手元に準備し、
それに基づいて、退会届が受け付けられた事と、郵便物・訪問などを拒否することや、植福の引き落としを停止することなどを確認するとよいと思います。

管理者さん、早速アドバイス頂きまして、ありがとうございます。
アドバイス通りFAXも送信しておきました。
これでしばらく様子を見てみます。